Σπήλαιο Αγίας Παρασκευής (Δήμος Γουβών)
Βορειοδυτικά του χωριού Σκοτεινό συναντάμε το σπήλαιο της Αγίας Παρασκευής και η είσοδός του οποίου βρίσκεται σε υψόμετρο 225μ. Μετά την είσοδο υπάρχει μια μεγάλη αίθουσα ο Μέγας Ναός (με μήκος 130μ. πλάτος 33μ. και ύψος 30μ.) όπου απαντώνται εντυπωσιακά συμπλέγματα σταλαγμιτών και σταλακτιτών. Η επόμενη αίθουσα, ο Βωμός είναι μικρότερη σε διαστάσεις (24×8,5×25) και υπάρχουν ενδείξεις ότι γίνονταν θυσίες. Στο άκρο αριστερά της πρώτης αίθουσας, κάθοδος 6μ.οδηγεί στο Αδυτον, υπόγειο θάλαμο διαστάσεων 15x8x3μ. Από αυτόν ανηφορικός διάδρομος οδηγεί από άλλη έξοδο στην πρώτη αίθουσα. Μεταξύ Βωμού και Αδύτου διάδρομος 12μ. πλάτους 1,5-2,5μ., καταλήγει στην Αίθουσα Λατρείας (12x12x14) που μοιάζει με θόλο και έχει θεαματικό φυσικό διάκοσμο. Ανοδος 4μ. οδηγεί στην Αίθουσα Προσευχής και τέλος ανοίγεται μικρός στενός θάλαμος (οι ντόπιοι το ονομάζουν Εκκλησάκι). Το μήκος του σπηλαίου σε κάτοψη είναι 170μ. με συνολική έκταση περίπου 2.500τμ. και τουριστική διαδρομή 450μ. Συστηματικές ανασκαφές δεν έχουν γίνει στο σπήλαιο, αλλά από έρευνες προκύπτει ότι χρησιμοποιήθηκε ως τόπος λατρείας κατά τη Μινωική περίοδο. Πολλοί από τους σταλαγμίτες του σπηλαίου φέρουν ίχνη επεξεργασίας και πιθανολογείται ότι υπήρξαν αντικείμενα λατρείας. Πρόσφατα ο αρχαιολόγος P.Faure υποστήριξε ότι το σπήλαιο της Αγίας Παρασκευής είναι ο περίφημος Λαβύρινθος της Κνωσού και ότι η θεά Βρυτομάρτις ήταν η δεσπόζουσα λατρευτική μορφή του σπηλαίου.

Σπήλαιο Αρκαλοχωρίου (Δήμος Αρκαλοχωρίου)
Το λεγόμενο Ιερό Σπήλαιο στην περιοχή Αρκαλοχωρίου υπήρξε χώρος λατρείας από τους προϊστορικούς χρόνους. Η είσοδος του σπηλαίου βρίσκεται νοτιοδυτικά από την κωμόπολη και έχει πλάτος 0,7μ. και ύψος μόλις 1,6μ. Λόγω της στενότητας του χώρου, η περιήγηση στο εσωτερικό του είναι αδύνατη. Εικάζεται ότι ο κεντρικός θόλος του σπηλαίου κατέρρευσε γύρω στο 1500 π.Χ. είτε λόγω του σεισμού που ακολούθησε την έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας, είτε εξαιτίας της διάβρωσης που υπέστη ο βράχος από τα όμβρια ύδατα. Οι πρώτες ανασκαφές έγιναν από τον Ιωσήφ Χατζηδάκη το 1912 και ανέδειξαν διάφορα όστρακα πήλινων αγγείων, λεπίδες ορειχάλκινων ξιφών και διπλούς πελέκεις, εκ των οποίων και έναν ασημένιο. Η συστηματική ανασκαφή του χώρου χρονολογείται από την περίοδο 1934-35, υπό την επίβλεψη των Σπύρου Μαρινάτου και Νικόλαου Πλάτωνα, με κύρια ευρήματα χρυσούς διπλούς πελέκεις μέχρι και 70 εκατοστών, και χάλκινα ξίφη. Τα περισσότερα αντικείμενα είναι εγχάρακτη, ενώ ένας από τους πελέκεις φέρει ιερογλυφική γραφή. Αξίζει να σημειωθεί, επίσης, ότι ένα από τα ξίφη έχει μήκος 1,05μ., με αποτέλεσμα να έχει χαρακτηριστεί το μακρύτερο χάλκινο ξίφος της προϊστορικής Ελλάδας. Ολα τα ευρήματα του σπηλαίου εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου.
Προσπαθώντας να αξιολογήσει τα ευρήματα, ο Σπύρος Μαρινάτος ανέπτυξε τη θεωρία ότι πρόκειται για αφιερώματα σε κάποια προϊστορική πολεμική θεότητα, καθώς τα περισσότερα είναι όπλα, και υποστήριξε ότι το σπήλαιο ήταν κέντρο λατρείας από το 2500 π.Χ. Τέλος, η ανεύρεση κομματιών χαλκού υποδεικνύει ότι ίσως στο χώρο ίσως υπήρχε και εργαστήριο χαλκέων.

Βαρβακόσπηλιος ή Αβακόσπηλιος-Σπήλαιο Αγίου Αντωνίου (Δήμος Κόφινα)
Δυτικά της μονής Κουδούμα στο Ακρωτήρι Ασπες ή Μάρτελος του Λιβυκού βρίσκεται ο Βαρβακόσπηλιος. Το μονοπάτι που οδηγεί εκεί είναι δύσβατο, αλλά ο εντυπωσιακός διάκοσμος του σπηλαίου θα ανταμείψει τον επισκέπτη για τη τη μικρή ταλαιπωρία. Σύμφωνα με τις παραδόσεις, αποτελούσε τόπο λατρείας και εκεί έφερναν τις γυναίκες που δεν μπορούσαν να τεκνοποιήσουν.
Ακολουθώντας το μονοπάτι που βρίσκεται βορειοδυτικά της μονής (η διαδρομή είναι σημαδεμένη με κόκκινα βέλη) και έπειτα από μία ώρα περίπου φτάνετε στο σπήλαιο του Αγίου Αντωνίου, όπου υπάρχει εικόνα του Αγίου και παλαιότερα ζούσαν μοναχοί ερημίτες.

Σπήλαιο Βίγλας (Δήμος Βιάννου)
Η είσοδος του σπηλαίου βρίσκεται στην ανατολική πλευρά του υψώματος Βίγλα ή Κέρατο στην Ανω Βιάννο. Διαθέτει στενή είσοδο 45εκ. πλάτους και 80εκ. ύψους. Στη συνέχεια διευρύνεται σε όλο το μήκος του των 90μ., που με τις διακλαδώσεις του φτάνει τα 200μ., με πολλούς σταλακτίτες και σταλαγμίτες σε αρκετά σημεία. Χρησιμοποιήθηκε ως καταφύγιο στην Τουρκοκρατία και είναι συνδεδεμένο με πολλές παραδόσεις.

Σπήλαιο Δόξα (Δήμος Τυλίσου)
Στο χωριό Μάραθος, 20χλμ. δυτικά του Ηρακλείου συναντάμε το σπήλαιο Δόξα. Η είσοδος βρίσκεται σε υψόμετρο 490μ. και το συνολικό του μήκος είναι 50μ. Παρά το μικρό μέγεθος, ο λιθωματικός διάκοσμος είναι εντυπωσιακός και στο κέντρο του υπάρχει εξέδρα με λεκάνες (gours). Δυτικά του σπηλαίου υπάρχουν δύο μεγάλα βάραθρα, ο Τάφος του Λάκκου και το Ξετρύπι.

Σπήλαιο Ειλείθυια (Δήμος Γουβών)
Το σπήλαιο βρίσκεται 7χλμ. ανατολικά από το Ηράκλειο, από την εθνική οδό Ηρακλείου-Αγίου Νικολάου προς το χωριό Ελια, και 1χλμ. ανατολικά της Αμνισού.
Ανακαλύφθηκε τον περασμένο αιώνα και είναι γνωστό και ως Νεραϊδοσπηλιός. Θεωρείται από τους κυριότερους τόπους λατρείας της Ειλείθυιας, θεάς των τοκετών που σύμφωνα με την παράδοση γεννήθηκε από την Ηρα σε αυτό το σπήλαιο. Το εσωτερικό είναι μακρόστενο (μήκος 60μ. και πλάτος 9-12μ.), ενώ τα αρχαιολογικά ευρήματα μαρτυρούν τη συστηματική χρήση του χώρου ως ιερού από τη Νεολιθική μέχρι και τη Ρωμαϊκή περίοδο. Στο κέντρο του σπηλαίου υπάρχει ορθογώνιος βωμός ή σηκός, γύρω από δύο κυλινδρικούς σταλαγμίτες με ανθρώπινες μορφές. Το σπήλαιο αναφέρεται και στον Ομηρο ως σταθμός στο ταξίδι του Οδυσσέα. Κατά τη διάρκεια των ανασκαφών εντοπίστηκαν ίχνη λατρείας της Παλαιοχριστιανικής περιόδου.Η είσοδος για το κοινό επιτρέπεται μόνο με τη χορήγηση ειδικής άδειας από τις τοπικές αρχές.

Σπηλιά Ιδαίο Αντρο (Δήμος Ζαρού)
Σύμφωνα με τους μύθους, η Σπηλιά Ιδαίο Αντρο ήταν ο τόπος γέννησης του Δία, για να προφυλαχθεί από τον πατέρα του Κρόνο. Προστατευόταν από τους Κουρήτες, οι οποίοι χόρευαν και χτυπούσαν τα όπλα τους για να καλύψουν το κλάμα του μωρού Δία, και τρεφόταν με το γάλα της Αμάλθειας.
Η σπηλιά βρίσκεται σε υψόμετρο 1.540μ. στον Ψηλορείτη και αποτελείται από μία μεγάλη αίθουσα στο άνοιγμα και δύο οριζόντια δωμάτια που ανοίγουν στο εσωτερικό άδυτο της σπηλιάς. Οι πρώτες ανασκαφές έγιναν από τον καθηγητή Μαρινάτο που απέδειξε τη χρήση του σπηλαίου κατά τα ελληνιστικά και ρωμαϊκά χρόνια. Οι ανασκαφές συνεχίζονται και δεν επιτρέπεται η είσοδος για το κοινό.

Σπήλαιο Καμάρες (Δήμος Ζαρού)
Το χωριό Καμάρες (57χλμ. νοτιοδυτικά από το Ηράκλειο στο δρόμο Ηράκλειο-Αγία Βαρβάρα-Γέργερη-Καμάρες) πήρε το όνομά του από το σπήλαιο που βρίσκεται βορειοανατολικά του χωριού, στη νότια πλευρά της Ιδης (Ψηλορείτης) σε υψόμετρο 1.520μ. (μία ώρα ανάβαση). Η σπηλιά έχει ένα χαρακτηριστικό τύπο κεραμικής Καμάρες που χρονολογείται από το 2000 π.Χ. Ανακαλύφθηκε το 1890 από κάποιο χωρικό, και με τις ανασκαφές Αγγλων αρχαιολόγων (1913) ήλθαν στο φώς σημαντικά μινωικά ευρήματα και κυρίως μεγάλες ποσότητες από τα πολύχρωμα αγγεία της μεσομινωικής (παλαιοανακτορικής) εποχής, γνωστά ως καμαραϊκά. Δείγματα των αγγείων αυτών, που βρέθηκαν επίσης στα παλάτια της Κνωσού και της Φαιστού, εκτίθενται στο Μουσείο Ηρακλείου. Το σπήλαιο, που χρησιμοποιήθηκε ως κατοικία από τους ανθρώπους της νεολιθικής εποχής, ήταν κατά πάσα πιθανότητα αφιερωμένο στη λατρεία της μεγάλης μινωικής θεότητας. Η πρόσβαση είναι αρκετά δύσκολη, καθώς απαιτείται ανάβαση τεσσάρων ωρών περίπου, αλλά από εκεί μπορείτε να φτάσετε στην κορυφή του Ψηλορείτη (συνιστάται σε πεπειραμένους ορειβάτες).

Μάταλα (Δήμος Τυμπακίου)
Τα Μάταλα είναι φημισμένα για τις σπηλιές τους, καθώς θεωρείται ότι αποτέλεσαν κατοικίες ανθρώπων της Προϊστορικής περιόδου. Σε αρκετές από αυτές βρέθηκαν λαξευτοί στο βράχο τάφοι ελληνικών, ρωμαϊκών και πρωτοχριστιανικών χρόνων.
Τη δεκαετία του 1960 ήταν ένας από τους διεθνείς τόπους συνάντησης των hippyes. Σήμερα η περιοχή έχει περιφραχτεί και προστατεύεται από την Αρχαιολογική Υπηρεσία.

Νεραϊδόσπηλιος (Δήμος Ν.Καζαντζάκη)
Στο Αστρακιανό φαράγγι, βόρεια της γέφυρας των Αστράκων, υπάρχει ο Νεραϊδόσπηλιος, ένα μικρό διώροφο σπήλαιο. Κατά τον αρχαιολόγο Paul Faure αποτελούσε το ιερό της Τριτογένειας Αθηνάς, που είχε το επίθετο αυτό από το αρχαίο όνομα του ποταμού Κατερού, που ήταν Τρίτων. Στη σπηλιά αυτή βρίσκεται μία από τις πηγές του υδραγωγείου των Αστράκων που υδροδοτούσε εν μέρει την πόλη του Ηρακλείου από τις αρχές του 20ού αι. Κατά την παράδοση, στο σπήλαιο κατοικούσαν νεράιδες που είχαν εμφανιστεί πολλές φορές σε κατοίκους του χωριού.

Σπήλαιο Φανερωμένης (Δήμος Χερσονήσου)
Στο χωρίο Αβδού στις βορειοδυτικές πλαγιές στην περιοχή Λαλουδάκη βρίσκεται το σπήλαιο της Φανερωμένης σε υψόμετρο 770μ. Εχει μήκος 43μ., πλάτος 4-11,5μ. και ύψος 8,5μ. Βρέθηκαν σε αυτό λατρευτικά αντικείμενα Γεωμετρικής περιόδου και ένας χρυσός πέλεκυς. Η προσπέλαση προς το σπήλαιο είναι λίγο δύσκολη λόγω της μορφολογίας του εδάφους. Στο εσωτερικό του διανοίγεται μικρός προθάλαμος, στο βάθος του οποίου υπάρχει διάκοσμος από σταλαγμίτες. Αριστερά του προθαλάμου ένας διάδρομος οδηγεί σε ευρύτερη αίθουσα με ογκώδης και άλλες μικρότερες στήλες.

Σπήλαια Δήμου Γοργολαΐνης
Στην περιοχή του Αγίου Μύρωνα συναντάμε τρία τεχνητά σπήλαια: το Αγίασμα, το Ανώνυμο και ο Μανουρά Σπήλιος. Στο δημοτικό διαμέρισμα των Ανω Ασιτών βρίσκεται σπήλαιο με νερό 100μ. βάθους με νυχτερίδες, ο λεγόμενος Νυχτεριδοσπηλιός. Σπήλαια υπάρχουν και στις θέσεις Κόκκινος Δέτης και Βαθιάς, ο Κυνηγόσπηλιος και ο Αγιος Χαράλαμπος αντίστοιχα.
Στο χωριό Κάτω Ασίτες σημαντικά σπήλαια είναι τα εξής: ο Λέστα Σπήλιος στη θέση Μαριάς Αλώνι, ο Αστυράκου Σπήλιος ή Σαρακήνα στην ομώνυμη θέση, ο Κατσιβέλης Σπήλιος στη θέση Λυσσογκρέμια, και το σπήλαιο Μέλισσα.Στο χωριό Πυργού υπάρχει ο Μερτζάνης Σπήλιος στη θέση Μερτζάνη.

Σπήλαια Δήμου Τεμένους
Στον οικισμό του Κυπαρίσσου βρίσκονται τρία σπήλαια, της Τροχάλας, του Καϋμένου και του Βαθειά.

Σπήλαια Δήμου Αρχανών
Στο όρος Γιούχτα μέχρι σήμερα είναι γνωστά έντεκα σπήλαια, από τα οποία έχουν εξερευνηθεί και χαρτογραφηθεί μερικώς μόνο τρία: τα Ανεμόσπηλια, το Χωστό Νερό και ο Σπήλιος του Στραβομύτη. Στα Ανεμόσπηλια έχει ανακαλυφθεί ορθογώνιο κτίριο που αποτελείται από τρία ισομεγέθη δωμάτια και διάδρομο. Σύμφωνα με τον ανασκαφέα αρχαιολόγο Γ.Σακελλαράκη είναι ιερό κορυφής, το οποίο μάλιστα χρονολογείται από το 17ο αιώνα π.Χ. και καταστράφηκε από σεισμό. Το συγκεκριμένο ανασκαφικό εύρημα είναι ιδιαίτερα σημαντικό γιατί στο δυτικό δωμάτιο όπου υπήρχε βωμός εντοπίστηκαν ίχνη ανθρωποθυσίας για πρώτη φορά στα μινωικά χρόνια.

Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Ηρακλείου