Απομονωμένο από την κίνηση των άλλων νησιών ζει σε αργούς ρυθμούς διατηρώντας το περιβάλλον και τις παραδόσεις. Μαζί με τα γειτονικά νησάκια Ψαθονήσι, Στρογγυλή, Μέρα, Γλάρος, και Κουνέλι εντάσσεται στην προστατευόμενη περιοχή Natura 2000 ως πολύτιμο καταφύγιο σπάνιων πουλιών.

Το νησί κατοικείται από την αρχαιότητα. Μάρτυρες της αρχαίας ιστορίας του είναι οι ‘θόλοι’, τα βυζαντινά κτίσματα του 11ου αιώνα που χρησίμευαν σαν αποθήκες τροφίμων και βρίσκονται στο ανατολικό μέρος του.

Οι οικισμοί του νησιού, Μικρό Χωριό, Άγιος Γεώργιος και Μεγάλο Χωριό φιλοξενούν τους λιγοστούς κατοίκους. Το Μεγάλο Χωριό που είναι ο αρχαιότερος οικισμός, δεν φαίνεται από την θάλασσα για την αποφυγή των πειρατών. Χαρακτηριστικό του είναι ο πέτρινος τοίχος γύρω από τα σπίτια με τις εισόδους στο χωριό.

Το Αγαθονήσι σαν κομμάτι κάποτε του μοναστηριακού κράτους της Πάτμου, τηρεί πιστά τις θρησκευτικές παραδόσεις. Μοναδική εμπειρία είναι να παραβρεθούμε στο μεγάλο πανηγύρι του Αγίου Παντελεήμονα και σε εκείνο του Δεκαπενταύγουστου όπου το γλέντι συνοδεύεται με φαγητό το οποίο περιλαμβάνει ντόπιο κρέας, ψωμί ψημένο σε ξυλόφουρνο και σπιτικά γλυκά.

Περιοδικό «Αγροτουρισμός»

Ειδήσεις Σήμερα: