Ο ναός του Αγίου Νικολάου, τρίτος σε αρχαιότητα ναός της πόλης της Κοζάνης, αποτέλεσε εξαρχής τον καθεδρικό ναό της πόλης και αργότερα της εκκλησιαστικής επαρχίας Σερβίων και Κοζάνης.

Στο πρώτο τη τάξει λατρευτικό κέντρο της μακεδονικής αυτής πόλης άνθρωποι κάθε ηλικίας έρχονται καθημερινά σε επικοινωνία με τον πολιούχο και προστάτη τους, τον «παππού», όπως με σεμνή οικειότητα αποκαλούν τον άγιο.

Όμως, ο ναός του Αγίου Νικολάου δεν είναι μόνον το πρώτο λατρευτικό κέντρο της Κοζάνης, αλλά και ένα μνημείο με μεγάλη ιστορική και εθνική αξία. Επί σειράν αιώνων ο ναός αυτός υπήρξε ο πυρήνας του εθνικού βίου των Κοζανιτών, συνδέθηκε δε με όλα τα σημαντικά γεγονότα πού συνθέτουν τη νεότερη ιστορία της πόλης τους. Αναδείχθηκε σε εργαστήρι εθνικό, μέσα στο οποίο πόθοι και όνειρα και ελπίδες συντηρούνταν, καλλιεργούνταν και γίνονταν δυνάμεις ακαταμάχητες στον αγώνα για την αποτίναξη του ξενικού ζυγού.

Εκεί γιόρταζαν οι Κοζανίτες την Ανάσταση του Χριστού και συγχρόνως προσεύχονταν για την ανάσταση του Γένους. Εκεί πανηγύρισαν την απελευθέρωσή τους με τη συγκινητική δοξολογία της 12ης Οκτωβρίου 1912, ενώπιον του Αρχιστρατήγου Διαδόχου Κωνσταντίνου.

Κάτω από τους υποβλητικούς θόλους του ναού ακούστηκαν φλογερά εθνικά κηρύγματα από φωτισμένους κληρικούς και χαρισματικούς δασκάλους του Γένους. Ηθικά και πνευματικά αναστήματα μεγάλου μεγέθους λάμπρυναν τον αρχιερατικό θρόνο και τον άμβωνα του ναού και άφησαν έντονα τα ίχνη της επωφελούς διέλευσής τους από αυτoύς.

Με προεδρικό διάταγμα της 27ης Οκτωβρίου/6ης Νοεμβρίου 1926 «Περί ανακηρύξεως ιστορικών και αρχαιολογικών μνημείων» ο ναός του Αγίου Νικολάου ανακηρύχθηκε «προέχον ιστορικόν και αρχαιολογικόν μνημείον διατηρητέον».

Εξάλλου, με βασιλικό διάταγμα της 9ης Απριλίου 1953 ο Άγιος Νικόλαος αναγνωρίστηκε ως πολιούχος και προστάτης της Κοζάνης, η δε μνήμη του γιορτάζεται την 6η Δεκεμβρίου με κάθε επισημότητα και με πάνδημη συμμετοχή των Κοζανιτών.

Ο ναός του Αγίου Νικολάου θεμελιώθηκε το 1664 με πρωτοβουλία και φροντίδα του προύχοντα Χαρισίου Τράντα, γιου του Ιωάννη Τράντα. Ο Χαρίσιος μερίμνησε προσωπικά για την επιλογή της θέσης του ναού, όπως και για τη ρυμοτόμηση και τον καλλωπισμό της πόλης.

Στην ανατολή του 18ου αιώνα, με τη μεγάλη οικονομική και πληθυσμική ανάπτυξη που άρχισε να γνωρίζει η πόλη της Κοζάνης, προέβαλε επιτακτική η ανάγκη για την ανέγερση ενός νέου, μεγαλύτερου ναού. Έτσι, οι Κοζανίτες ζήτησαν άδεια για επισκευή του ναού του Αγίου Νικολάου. Πράγματι, με φιρμάνι του έτους 1721 χορηγήθηκε η άδεια για την επιδιόρθωση των τοίχων του ναού, που στην πορεία εξελίχθηκε σε εκ βάθρων ανακαίνισή του, ενδεχομένως δε και διεύρυνσή του.

Πληροφορίες σχετικά με την εν λόγω ανακαίνιση μάς δίνει σωζόμενη κτητορική επιγραφή: το έργο εκτελέστηκε επί επισκόπου Ζαχαρία, το 1721, η δε ιστόρηση των τοιχογραφιών έγινε το 1730. Όπως ο αρχικός, έτσι και ο νέος ναός είχε ανεπαρκή φωτισμό, μια και τα παράθυρά του ήταν μικρά.

Ο νέος ναός έφθανε προς δυσμάς μέχρι την αρχή του σημερινού γυναικωνίτη. Άγνωστο παραμένει πότε πραγματοποιήθηκε η επέκταση του ναού κατά το τμήμα του γυναικωνίτη, αλλά και πότε οικοδομήθηκε το παρεκκλήσι του Τιμίου Προδρόμου, στο βόρειο νάρθηκα.

Σε κάθε περίπτωση, με την προς δυσμάς επέκτασή του, την ανέγερση του παρεκκλησίου του Τιμίου Προδρόμου και μερικές ακόμη μικρές διαρρυθμίσεις, ο ναός του Αγίου Νικολάου έλαβε την οριστική του μορφή, με την οποία και διατηρήθηκε μέχρι την απελευθέρωση.

Το 1916 έγινε επέμβαση στο ναό από το μητροπολίτη Φώτιο Μανιάτη, που είχε ως αποτέλεσμα την αλλοίωση της αρχιτεκτονικής φυσιογνωμίας του και την καταστροφή εξαιρετικών τοιχογραφιών.

Το τμήμα του ναού που αντιστοιχεί στο σημερινό ανδρωνίτη, το κυρίως μνημείο, είναι τρίκλιτη καμαροσκέπαστη βασιλική με δάπεδο μαρμαρόστρωτο και δίρριχτη στέγη.

Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα φορητά διακοσμητικά στοιχεία (φορητές εικόνες, πολυέλαιοι, ορειχάλκινα κηροπήγια, χρυσοκέντητος επιτάφιος, ιερά σκεύη, κοσμήματα κ.ά.), τα ξυλόγλυπτα (προπάντων, το τέμπλο) και οι τοιχογραφίες, που ιστορήθηκαν από τους γιαννιώτες αδελφούς Νικόλαο και Θεόδωρο το 1730.