Αρκετά συνηθισμένο είδος μέχρι τις αρχές του 20ού αιώνα, ο γυπαετός ζούσε σε όλα σχεδόν τα βραχώδη βουνά, τόσο της κυρίως όσο και της νησιωτικής Ελλάδας. Παλαιότερα φώλιαζε στις Κυκλάδες, τη Λευκάδα, το Ναύπλιο, τον Ταΰγετο, το Χελμό και τη Ρόδο, όπου τον ονόμαζαν «Χαλιναρά», επειδή τα μουστάκια του θυμίζουν χαλινάρια.
Σήμερα έχει εξαφανιστεί από όλες αυτές τις περιοχές. Ο κύριος όγκος του πληθυσμού βρίσκεται στην Κρήτη (25 άτομα) και κυρίως στο Φαράγγι της Σαμαριάς στο Νομό Χανίων, ενώ στην ηπειρωτική Ελλάδα απαντώνται ελάχιστα άτομα.
Στην Ευρώπη συναντάται στην οροσειρά των Πυρηναίων (Ισπανία-Γαλλία, 77 ζευγάρια), στο νησί της Κορσικής (10 ζευγάρια) και στα Βαλκάνια (2-3 ζευγάρια). Στις Αλπεις το είδος έχει επανεισαχθεί τα τελευταία χρόνια (80 άτομα).