Ο γυπαετός είναι ορεσίβιο είδος και απαντάται σε περιοχές μεγάλου υψόμετρου (1.500-4.000μ.), ενώ το χειμώνα λόγω του χιονιού κατεβαίνει στα ημιορεινά (500-800μ.).
Συνήθως χτίζει δύο και τρεις μεγάλες φωλιές, ενώ γεννά σε μία από αυτές ένα με δύο αβγά τους μήνες Δεκέμβριο και Ιανουάριο. Η εκκόλαψη των αβγών γίνεται και από τους δύο γονείς και διαρκεί σχεδόν δύο μήνες. Το μοναδικό μικρό που επιζεί μένει στη φωλιά για τέσσερις μήνες περίπου, από όπου στα τέλη Ιουνίου με αρχές Ιουλίου θα πετάξει για πρώτη φορά.
Τα νεαρά πουλιά διανύουν μεγάλες αποστάσεις, αλλά εξακολουθούν να επισκέπτονται τη φωλιά, εξαρτώμενα από τους γονείς τους για αρκετό ακόμα διάστημα. Έπειτα από έξι χρόνια φτάνουν σε σεξουαλική ωριμότητα. Το νέο ζευγάρι που θα δημιουργηθεί κινείται σε επιφάνεια 200-400τ.χλμ.
Ο γυπαετός είναι πτωματοφάγος και το μοναδικό πλάσμα στον κόσμο που τρέφεται σχεδόν αποκλειστικά (70-90%) με κόκαλα, γι αυτό και στην Κρήτη το ονομάζουν και «Κοκαλά». Δεν μπορεί να σκίσει μόνος του τα διάφορα πτώματα ζώων και χρειάζεται τη βοήθεια άλλων μεγάλων γυπών. Βασική του πάντως τροφή είναι τα κόκαλα. Τα μικρότερα τα καταπίνει ολόκληρα και το στομάχι του, με τα πανίσχυρα γαστρικά υγρά που διαθέτει, τα χωνεύει με ευκολία. Τα μεγαλύτερα από αυτά τα σπάει ρίχνοντάς τα με χαρακτηριστικό τρόπο. Τα πετάει από μεγάλο ύψος σε βραχώδεις, απότομες πλαγιές, τις «σπάστρες», ακολουθώντας τα με σπειροειδή κάθοδο, διαδικασία που επαναλαμβάνεται μέχρι να σπάσουν σε μικρά κομμάτια, και στη συνέχεια τα τρώει ξεκινώντας από το μεδούλι. Αυτή η διατροφική του συνήθεια φαντάζει περίεργη, αλλά από τη στιγμή που έχει λυθεί το πρόβλημα της πέψης, τα κόκαλα αποτελούν μια πολύ θρεπτική και εύκολα αποθηκεύσιμη τροφή, για την οποία επιπλέον έχει ελάχιστους ανταγωνιστές.