Ο αιγαιόγλαρος απαντάται αποκλειστικά στη Μεσόγειο. Αναπαραγόμενοι πληθυσμοί έχουν καταγραφεί στην Αλγερία, στην Κύπρο, στη Γαλλία, στην Ελλάδα, στην Ιταλία, στο Μαρόκο, στην Ισπανία, στην Τυνησία και στην Τουρκία.

Στην Ελλάδα είναι το πιο σπάνιο θαλασσοπούλι. Φωλιάζει στο Αιγαίο, συνήθως σε απομονωμένες και ασφαλείς μικρές νησίδες που έχουν μικρή κλίση και αραιή βλάστηση. Σχηματίζει αποικίες των 10 έως 65 ζευγαριών. Τα κυριότερα σημεία αναπαραγωγής του είναι σε μικρονήσια των Δωδεκανήσων, των νοτιοανατολικών Κυκλάδων, των Κυθήρων και των Σποράδων.

Υπολογίζεται ότι στο Αιγαίο υπάρχουν περίπου 600 ζευγάρια σε 20 περίπου αποικίες, αριθμός που αποτελεί το
μεγαλύτερο πληθυσμό αιγαιόγλαρου στην ανατολική Μεσόγειο.