Η αναβάθμιση του περιβάλλοντος στο Σχινιά στα μέσα της δεκαετίας του ’90 ήταν σχεδόν αδύνατη. Παρ’ όλες τις περιβαλλοντικές αξίες, θα ήταν ελάχιστα πιθανή η επιστροφή του νερού στον υγρότοπο και η υπέρβαση των εμποδίων για την λειτουργία μιας προστατευόμενης περιοχής, αν δεν είχε μεσολαβήσει η ισχυρή ώθηση των Ολυμπιακών Αγώνων. Χάρη σ’ αυτήν επιτεύχθηκαν επίσης η κατάργηση μιας σημαντικής αλλά οχλούσας υποδομής, όπως το αεροδρόμιο του Μαραθώνα, καθώς και η δαπανηρή αποξήλωση της αμερικανικής στρατιωτικής βάσης. Η ώθηση δεν στάθηκε ωστόσο αρκετή για το ξεπέρασμα των παλινδρομήσεων της τοπικής κοινωνίας ή των πολιτικών αντιθέσεων που συνδέθηκαν με την κυβερνητική αλλαγή λίγους μήνες πριν τους Ολυμπιακούς Αγώνες.
Οι αρνητικές αλλαγές που είχαν σημειωθεί στην περιοχή από την δεκαετία του 1920 λόγω ανθρωπογενών πιέσεων ήταν μεγάλες. Κυρίαρχες περιβαλλοντικές πιέσεις, εκτός από τα αποστραγγιστικά έργα, ήταν το τοπικό αεροδρόμιο, η άναρχη δόμηση, οι στρατιωτικές εγκαταστάσεις και η ανεξέλεγκτη χρήση του χώρου για κυνήγι, μοτοκρός, στάθμευση, κατασκήνωση, καθώς επίσης η επικράτηση ενός μαζικού και καταναλωτικού προτύπου αναψυχής κατά τους θερινούς μήνες. Η επί πολλά χρόνια ανάπτυξη ασύμβατων και οχλουσών χρήσεων, καθώς και η έλλειψη συγκροτημένου προγράμματος προστασίας του βιοτόπου οδήγησαν σε σταδιακή υποβάθμιση των οικολογικών χαρακτηριστικών του, ειδικότερα στην συρρίκνωση και αλλοίωση του υγροτόπου, στην έλλειψη αναγέννησης του δάσους και στον κατακερματισμό των φυσικών περιοχών, με εξαίρεση την Κυνοσούρα. Η σημαντικότερη επέμβαση ήταν η μερική αποξήρανση που έφερε περιορισμό των ελών και υφαλμύρινση των υδροφορέων. Εκτιμάται  ότι προ του 1923 ο υγρότοπος δεχόταν ετησίως ποσότητα νερού περίπου δέκα φορές μεγαλύτερη από την αντίστοιχη ετήσια ποσότητα της δεκαετίας του ’90. Επομένως το υδρολογικό καθεστώς ήταν σαφώς διαταραγμένο σε σχέση με τη φυσική κατάστασή του.
Οι ευαίσθητες ισορροπίες στο οικοσύστημα του Σχινιά υπέφεραν έντονα από τις ανθρώπινες επεμβάσεις. Η οικοπεδοποίηση δασικών και παραλιακών περιοχών, η εντατική γεωργική εκμετάλλευση, η πίεση από τις δραστηριότητες συγκεκριμένων ομάδων (π.χ. κυνήγι, ψάρεμα, μοτοκρός), οι στρατιωτικές εγκαταστάσεις αποτελούσαν μόνιμες απειλές λόγω καταστροφής πολύτιμων ενδιαιτημάτων, επιβάρυνσης του εδάφους και του υδροφόρου ορίζοντα με φυτοφάρμακα και άλλες τοξικές ουσίες, περιορισμού του υγροτόπου, οχλήσεων της πανίδας, μη αναγέννησης του δάσους.

Η υποβάθμιση κατά ενότητα παρουσιαζόταν ως εξής:
Α) υγρότοπος:
1) περιορισμός της έκτασής του λόγω αλλαγής χρήσεων γης όπως: δόμηση, επιχωματώσεις στην λίμνη Στόμι, κατασκευή και λειτουργία αεροδρομίου, στρατιωτικές εγκαταστάσεις, κατατμήσεις λόγω οδικού δικτύου, επέκταση γεωργικών εκτάσεων σε βάρος υγροτοπικών περιοχών 2) περιορισμός της ποσότητας νερού που καταλήγει στον υγρότοπο μετά την διάνοιξη των αποστραγγιστικών τάφρων το 1923 και αργότερα, υφαλμύρινση υδροφορέων λόγω αντλήσεων και αλλαγής του υδρολογικού καθεστώτος από τα αποστραγγιστικά κανάλια, εξαφάνιση μικροβιοτόπων της περιοχής και κυρίως εποχικών τελμάτων 3) τοξική ρύπανση από απόβλητα στρατιωτικών εγκαταστάσεων ή καλλιεργειών 4) κυνήγι και βόσκηση που συνεπάγονται, μεταξύ άλλων, μείωση των πληθυσμών πανίδας, ειδικότερα δε ορνιθοπανίδας, που ζουν στην περιοχή.

Β) πευκοδάσος: 1) περιορισμός της έκτασής του εξ αιτίας νόμιμης ή παράνομης αλλαγής χρήσεων γης κυρίως για ανέγερση κατοικιών ή καταστημάτων 2) κυκλοφορία και στάθμευση χιλιάδων οχημάτων, ιδιαίτερα κατά τη θερινή περίοδο, μοτοκρός 3) μείωση του υπωρόφου 4) αποψίλωση στην περιφερειακή ζώνη 5) ρύπανση από σκουπίδια 6) κατασκήνωση, διανυκτέρευση, άναμα φωτιάς 7) βόσκηση και κυνήγι. Οι πιέσεις στο πευκοδάσος συνεπάγονται προπάντων αυξημένο κίνδυνο πυρκαγιάς, ανεπαρκή αναγέννηση της κουκουναριάς και αισθητική υποβάθμιση.

Γ) γενικό φυσικό τοπίο: 1) αστικοποίηση στους λόφους, στο δάσος και στη γεωργική περιοχή 2) ασύμβατες χρήσεις, π.χ. στρατιωτικές εγκαταστάσεις, αεροδρόμιο 3) παράνομα κτίσματα 4) κυκλοφορία και στάθμευση οχημάτων 5) ρύπανση από σκουπίδια 6) ηχορρύπανση.

Δ) παραλιακή ζώνη και θάλασσα: 1) δομική αλλοίωση των αμμοθινών 2) περιορισμός των θαλασσόκεδρων και μηδαμινή αναγέννησή τους 3) υποχώρηση κάποιων ειδών αμμόφιλης βλάστησης, πιθανή εξαφάνιση του κρίνου της θάλασσας 4) παράνομα κτίσματα 5) κυκλοφορία και στάθμευση τζιπ  6) ρύπανση  από σκουπίδια σε παραλία και βυθό 7) κίνηση μηχανοκίνητων σκαφών 8) παράνομη αλιεία.

Ε) υπόγεια νερά: μείωση των αποθεμάτων του υπόγειου υδροφορέα, εξάντληση των πηγών της Δρακονέρας και αυξανόμενη υφαλμύρινση, με βασική αιτία την υπεράντληση στην περιοχή των εντατικών γεωργικών καλλιεργειών  βόρεια του υγροτόπου.

ΣΤ) ευρύτερη περιοχή εκτός Πάρκου: 1) νόμιμη και παράνομη εκτός σχεδίου δόμηση α΄ και β΄ κατοικίας, αυθαίρετος οικισμός Αγ. Γεωργίου, οικοδομικοί συνεταιρισμοί  2) επέκταση οδικού δικτύου 3) εντατική γεωργία 4) ανεξέλεκτη τουριστική δραστηριότητα 5) βόσκηση, κυνήγι, αλιεία.