Τα εκθέματα του μουσείου προέρχονται από ανασκαφές στον Εμπορειό, στο Αγιο Γάλας, στα Φανά και σε ολόκληρο το νομό Χίου. Χρονολογούνται από την Προϊστορική μέχρι και τη Ρωμαϊκή εποχή.