Τα εκθέματα προέρχονται κυρίως από τον τύμβο και το τρόπαιο της μάχης του Μαραθώνα. Τη συλλογή συμπληρώνουν επιτύμβια ανάγλυφα, αναθηματικές επιγραφές, κεραμική και γλυπτική από τους Γεωμετρικούς μέχρι και τους Ρωμαϊκούς χρόνους .