Το μουσείο περιλαμβάνει αγγεία, ειδώλια, πήλινα αγάλματα κορών από τις ανασκαφές των προϊστορικών θέσεων της Κεφάλας και της Αγίας Ειρήνης, αρχιτεκτονικά μέλη και γλυπτά από το ναό της Αθηνάς στην Καρθαία και από άλλες περιοχές του νησιού.