Το μουσείο περιλαμβάνει ευρήματα από τις ανασκαφές στη Δήλο, όπως επιτύμβια αγάλματα καί στήλες, αγγεία, ειδώλια, κοσμήματα και μικροαντικείμενα, ψηφιδωτά που χρονολογούνται από τον 7ο π.Χ. μέχρι τον 1ο π.Χ. αιώνα.