Το μουσείο περιλαμβάνει τα ανασκαφικά ευρήματα των Πετρών και του λόφου του Αγίου Παντελεήμονα στη Φλώρινα, καθώς και μια πλούσια συλλογή βυζαντινών αρχαιοτήτων.