Το μουσείο περιλαμβάνει τα αρχαιολογικά ευρήματα της ανατολικής Κρήτης, από την Πρωτομινωική εποχή (νεκροταφείο Αγίας Φωτιάς Σητεία, το νεκροταφείο του Μόχλου), καθώς και ευρήματα Ελληνορωμαϊκών χρόνων από τη Λατώ.