Λονδίνο: Σοβαρά λάθη περιέχει η αλληλουχία του γονιδιώματος της μύγας – πειραματόζωου Drosophila της εταιρείας Celera, σύμφωνα με δημοσίευμα του περιοδικού Nature. Οι ερευνητές κατηγορούν την εταιρεία για προχειρότητα και εφιστούν την προσοχή στους επιστήμονες που χρησιμοποιούν τα δεδομένα της για το ανθρώπινο γονιδίωμα.


Η Celera είχε δημοσιεύσει στο περιοδικό Science τα δεδομένα που συνέλεξε για το γονιδίωμα της μύγας των φρούτων το Μάρτιο του 2000, πολύ προτού ολοκληρωθεί το αντίστοιχο κρατικά χρηματοδοτούμενο διεθνές πρόγραμμα.


Επιστήμονες του Πανεπιστημίου του Στάνφορντ ισχυρίζονται τώρα ότι έως και το 50% της αλληλουχίας ενδέχεται να περιέχει σοβαρά λάθη, που θα μπορούσαν να οδηγήσουν τους ερευνητές που χρησιμοποιούν τα δεδομένα αυτά σε λανθασμένα συμπεράσματα για τη λειτουργία των γονιδίων της μύγας.


«Νομίζω ότι η δημοσίευση (της αλληλουχίας) έγινε κάπως βιαστικά» αναφέρει στο Reuters ο μαθηματικός και επικεφαλής της ερευνητικής ομάδας, δρ. Σάμιουελ Κάρλιν.


«Δεν θέλω να κάνω δηλώσεις για το ανθρώπινο γονιδίωμα, αλλά προειδοποιώ ότι όποιος προσπαθήσει να εξαγάγει συμπεράσματα βασιζόμενος στην «πρόχειρη» αλληλουχία θα πρέπει να είναι πολύ προσεκτικός» συμπληρώνει.


Ωστόσο, η Celera καθώς και άλλοι ερευνητές που είχαν συνεργαστεί με αυτήν στο παρελθόν υποστηρίζουν ότι τα λάθη αυτά ήταν αναμενόμενα, και δεν μειώνουν την αξία του γενετικού χάρτη ως εργαλείου για την επιτάχυνση της γενετικής έρευνας.


«Θα θεωρούσα την ακρίβεια της τάξεως του 50% κομπλιμέντο, όχι κριτική» αναφέρει στο New Scientist ο Τζέρι Ρούμπιν, του Ιατρικού Ινστιτούτου Howard Hughes. Ο ίδιος συμμετείχε τόσο στο κρατικά χρηματοδοτούμενο πρόγραμμα για το γονιδίωμα της μύγας όσο και στο αντίστοιχο (ανταγωνιστικό) πρόγραμμα της Celera. Υποστηρίζει μάλιστα ότι οι νέες αναλύσεις, που θα ολοκληρωθούν το 2002, θα αυξήσουν την ακρίβεια της αλληλουχίας στο 75%.


«Ποτέ δεν είπαμε ότι ο προσδιορισμός του γονιδιώματος της μύγας είναι κατά 100% ακριβής και πλήρης. Η ανάλυση των γονιδιωμάτων μπορεί να διαρκέσει δεκαετίες» δήλωσε η εκπρόσωπος της Celera, Χέδερ Κοουάλσκι.

Ταχεία ανάλυση

Πάντως, παρ’ όλο που κανείς δεν περίμενε ότι ο γενετικός χάρτης της Drosophila θα ήταν απόλυτα ακριβής σε όλη του την έκταση, πολλοί θεωρούν ότι ορισμένα από τα λάθη θα μπορούσαν να είχαν αποφευχθεί, εάν η Celera χρησιμοποιούσε τις καθιερωμένες μεθόδους για τον προσδιορισμό της αλληλουχίας αντί για την ταχεία αλλά πιθανώς αναξιόπιστη νέα μέθοδο.

Οι ερευνητές της εταιρείας κατακερμάτισαν το DNA των χρωμοσωμάτων σε πολλά μικρά τμήματα, προσδιόρισαν την αλληλουχία τους, και στη συνέχεια ανέλυσαν τις επικαλυπτόμενες αλληλουχίες για να συνδέσουν και πάλι τα τμήματα στο αρχικό μόριο. Αντίθετα, η μέθοδος που εφαρμόστηκε στο κρατικό πρόγραμμα προϋποθέτει ότι το DNA κόβεται σε μεγαλύτερα κομμάτια, τα οποία οι ερευνητές γνωρίζουν εκ των προτέρων με ποια σειρά συνδέονται.


Ο δρ. Κάρλιν εντόπισε στην αλληλουχία της Celera εκτεταμένα λάθη, ακόμη και σε γονίδια που ήταν γνωστά και καλά χαρακτηρισμένα από προγενέστερες μελέτες.

Συνέκρινε τα δεδομένα της εταιρείας για 1.049 γνωστά γονίδια με τα αντίστοιχα στοιχεία από σουηδική βάση δεδομένων. Μολονότι το 26% των γονιδίων ταίριαζε απόλυτα με τις αλληλουχίες της Celera, και το 29% ήταν ακριβές κατά 99%, το υπόλοιπο 45% περιείχε σειρά από λάθη ή απουσίαζε εντελώς από το χάρτη της εταιρείας.

Ο ίδιος υποστηρίζει ότι αρχικά είχε στείλει την έρευνά του στο περιοδικό Science (όπου δημοσιεύτηκε η αλληλουχία της Celera), το οποίο όμως αρνήθηκε να τη δημοσιεύσει.

Η ακρίβεια της αλληλουχίας που προέκυψε από το κρατικό πρόγραμμα δεν έχει ακόμη εκτιμηθεί.

Πηγή: Associated Press

health.in.gr

Ειδήσεις Σήμερα: