Το σπήλαιο των λιμνών αποτελεί μια μοναδική περίπτωση φυσικού και αρχαιολογικού χώρου, οπως φανερώνει η στρωματογραφική συνέχεια από τη Νεολιθική εποχή μέχρι και την ύστερη Χαλκοκρατία.