Το μουσείο φιλοξενεί συλλογές έργων μικροτεχνίας, ζωγραφικής, γλυπτικής, εικόνων, χειρογράφων, ψηφιδωτών, από τον 4ο έως το 19ο αιώνα, από διάφορες περιοχές της βυζαντινής αυτοκρατορίας αλλά και από τον ελληνισμό της μεταβυζαντινής εποχής.