Τα εκθέματα παρουσιάζουν την ιστορία της έρευνας της προϊστορικής Θήρας, καθώς και τη γεωλογική και ιστορική πορεία της νήσου από τη νεότερη Νεολιθική έως την την ώριμη Υστεροκυκλαδική I περίοδο (17ος αιώνας π.Χ).