Το μουσείο φιλοξενεί σημαντικά ευρήματα Αρχαϊκών, Κλασικών, Ελληνιστικών και Ρωμαϊκών χρόνων, όπως ο αρχαϊκός κούρος του Απόλλωνα, η Αθηνά του Πειραιά, δύο αγάλματα της Αρτέμιδος κ.λπ.