Στο μουσείο παρουσιάζονται εκθέματα από την Κεντρική Μακεδονία και τη Χαλκιδική, από τις συλλογές της Σίνδου, τους θησαυρούς της Βεργίνας, αλλά και ευρήματα από την πόλη της Θεσσαλονίκης, από την Προϊστορική εποχή μέχρι την Ύστερη Αρχαιότητα.