Το μουσείο περιλαμβάνει ευρήματα από τις ανασκαφές Ιταλών στην Πολιόχνη, στο Καβείριο, στην Ηφαιστία, καθώς και από τις σωστικές ανασκαφές που διενεργεί στο νησί η Κ’ ΕΠΚΑ.