Ο Παναθηναϊκός, η ελληνική ομάδα με τις περισσότερες διακρίσεις στο Champions League, είναι αυτή που έχει πραγματοποιήσει και τη χειρότερη παρουσία στην ιστορία της διοργάνωσης. Μετά το 3-1 από την Κοπεγχάγη στο «Πάρκεν», οι πρωταθλητές Ελλάδας ολοκλήρωσαν τη φάση των ομίλων με δύο βαθμούς, τους λιγότερους που έχει συγκεντρώσει ποτέ ελληνική ομάδα, ισοφαρίζοντας την κάκιστη επίδοση της ΑΕΚ τις περιόδους 2003/2004 και 1995/1996. Ωστόσο και στις δύο περιπτώσεις η «Ένωση» είχε καλύτερη διαφορά τερμάτων, ενώ είχε περάσει από προκριματικό γύρο, κάτι το οποίο δεν έκανε φέτος ο Παναθηναϊκός που συμμετείχε απευθείας στους ομίλους.

Αυτό σημαίνει ότι είχε τη μικρότερη βαθμολογική συγκομιδή ελληνικής ομάδας, από καταβολής της διοργάνωσης. Επίσης, έχει τη δεύτερη χειρότερη επιθετική παρουσία αφού ολοκληρώνει τη σεζόν μόνο με δύο γκολ (ένα η ΑΕΚ το 2003), τη δεύτερη χειρότερη διαφορά τερμάτων (-12 είχε ο ίδιος το 2005) αλλά και την τρίτη χειρότερη άμυνα με 13 γκολ παθητικό (ο Ολυμπιακός είχε δεχθεί 17 τέρματα τη σεζόν 2002/03 και ο Παναθηναϊκός 16 το 2005/2006).

2010-11

4ος όμιλος: Παναθηναϊκός 2β. 4ος (2-13 τέρματα)

2009-10

8ος όμιλος: Ολυμπιακός 10β. 2ος

2008-09

2ος όμιλος: Παναθηναϊκός 10β. 1ος

2007-08

3ος όμιλος: Ολυμπιακός 11β. 2ος

2006-07

4ος όμιλος: Ολυμπιακός 3β. 4ος (6-11 τέρματα)

8ος όμιλος: ΑΕΚ 8β. 3η

2005-06

3ος όμιλος: Παναθηναϊκός 4β. 4ος (4-16 τέρματα)

6ος όμιλος: Ολυμπιακός 4β. 4ος (7-13 τέρματα)

2004-05

1ος όμιλος: Ολυμπιακός 10β. 3ος

5ος όμιλος: Παναθηναϊκός 9β. 3ος

2003-04

3ος όμιλος: ΑΕΚ 2β. 4η (1-11 τέρματα)

4ος όμιλος: Ολυμπιακός 4β. 4ος (6-13 τέρματα)

5ος όμιλος: Παναθηναϊκός 4β. 3ος

2002-03

3ος όμιλος: ΑΕΚ 6β. 3η

6ος όμιλος: Ολυμπιακός 4β. 4ος (11-17 τέρματα)

2001-02

3ος όμιλος: Παναθηναϊκός 12β. 1ος

8ος όμιλος: Ολυμπιακός 5β. 4ος (6-12 τέρματα)

2000-01

3ος όμιλος: Ολυμπιακός 9β. 3ος

5ος όμιλος: Παναθηναϊκός 8β. 2ος

1999-00

5ος όμιλος: Ολυμπιακός 7β. 3ος

1998-99

1ος όμιλος: Ολυμπιακός 11β. 1ος

5ος όμιλος: Παναθηναϊκός 6β. 4ος (6-9 τέρματα)

1997-98

4ος όμιλος: Ολυμπιακός 5β. 3ος

1995-96

1ος όμιλος: Παναθηναϊκός 11β. 1ος

1994-95

4ος όμιλος: ΑΕΚ 2β. 4η (3-9 τέρματα)

ΑΠΕ-ΜΠΕ