Φαράγγια Κνωσανό, Κουναβιανό, Αστρακιανό
Στα φαράγγια επικρατεί μια πλούσια υδρόφιλη βλάστηση (πλατάνια, ιτιές, λυγαριές, βάτα κ.ά.). Η ποικιλότητα της χλωρίδας είναι μικρή λόγω της ύπαρξης σκίασης, ενώ υπάρχουν 11 ενδημικά είδη, από τα οποία δύο είναι σπάνια και τα εννέα κοινά για όλη την Κρήτη. Σε ότι αφορά την πανίδα, υπάρχουν πολλά είδη σπονδυλωτών, 44 είδη πουλιών και επτά είδη θηλαστικών.

Φαράγγι Κνωσανό
Το φαράγγι αποτελεί φυσική συνέχεια του όρους Γιούχτα. Εκτείνεται νότια των Αρχανών (Αγιος Μάμας), διατρέχει τον οικισμό των Αρχανών στη θέση Κάτω Μύλος, την περιοχή Μυριστή, την υδατογέφυρα της Αγίας Ειρήνης (Σπηλιά), με συνολικό μήκος διαδρομής 6χλμ. περίπου, και συνεχίζει βόρεια περνώντας από την Κνωσό.

Φαράγγι Κουναβιανό
Το φαράγγι ξεκινά από τον οικισμό Μυρτιά (Δήμου Ν.Καζαντζάκη) και από τον οικισμό των Κουνάβων (Δήμου Ν.Καζαντζάκη) δημιουργώντας δύο σκέλη, που μαζί καταλήγουν στο Φαράγγι Αστρακιανό. Είναι δύσβατο λόγω της βλάστησης, της μορφολογίας του εδάφους και της κοίτης του, και έχει συνολικό μήκος διαδρομής 5χλμ.

Φαράγγι Αστρακιανό
Είναι το εκτενεστερο της περιοχής, μήκους 12,5χλμ. περίπου. Ξεκινά βορειοδυτικά από τη θέση Κολομόδι και διατρέχει την περιοχή Αστρακών (Δήμου Ν.Καζαντζάκη), τις πηγές Μηλιαρά και τα όρια της κτηματικής περιφέρειας Καρτερού, σε μια διαδρομή πλούσια σε φυσικά, μορφολογικά και πολιτιστικά χαρακτηριστικά.

Και στα τρία φαράγγια οι αρχαιολογικές και ιστορικές θέσεις είναι πολλές και σημαντικές (ενετική υδατογέφυρα στο Καρυδάκι και στην Αγία Ειρήνη στο Κνωσανό Φαράγγι, αρχαία πόλη Ελτυνα στους Κουνάβους, μινωικό νεκροταφείο στους Αστράκους, μινωικός οικισμός στη Μυρτιά κ.ά.).

Φαράγγι Αστριτσίου (Δήμος Ν. Καζαντζάκη)
Οι ρεματιές του φαραγγιού έχουν μήκος ρεματιών περί τα 8χλμ. και υπάρχουν πολλά πλατάνια. Στη θέση Ρεματιές υπάρχουν εκκλησίες με ιστορική σημασία και ένα σπήλαιο, ο Νεραϊδόσπηλιος. Καθ΄όλη τη διαδρομή συναντώνται πηγές μόνιμης ροής, που δημιουργούν έναν όμορφο χώρο αναψυχής.

Φαράγγια Αγίου Χαραλάμπους και Αγίου Αντωνίου (Δήμος Γοργολαϊνης)
Είναι περιοχές ιδιαίτερης φυσικής ομορφιάς στο Δήμο Γοργολαΐνης. Κατά μήκος τους περνά το Ευρωπαϊκό Ορειβατικό Μονοπάτι Ε4. Υπάρχουν σπάνια είδη χλωρίδας και πανίδας, τα οποία προστατεύονται από την Ευρωπαϊκή Νομοθεσία (Κοινοτική Οδηγία 92/43). Συγκεκριμένα συναντώνται 80 είδη χλωρίδας (4 προστατευόμενα), 24 είδη πανίδας (11 προστατευόμενα) και αναφέρονται και 16 είδη πουλιών από τα οποία τα 8 είναι προστατευόμενα. Στην περιοχή βρίσκεται και ένα σπήλαιο με νερό βάθους 100μ., στην οροφή του οποίου ζουν δύο είδη νυχτερίδων, που και αυτές προστατεύονται από την ίδια κοινοτική οδηγία.

Αγιοφάραγγο και Μάρτσαλος
Στο Δήμο Μοιρών καταγράφονται δύο φαράγγια, το Αγιοφάραγγο και ο Μάρτσαλος.

Αγιοφάραγγο
Το Αγιοφάραγγο έχει μήκος 1χλμ. Στη μεγαλύτερη διαδρομή υψώνονται μεγάλοι βράχοι, όπου υπάρχουν σπηλιές. Γνωστότερο είναι το Γουμενόσπηλιο, όπου μία η δύο φορές το χρόνο συγκεντρώνονται ασκητές. Περίπου 250μ. πριν από τη θάλασσα βρίσκεται ο ναός του Αγίου Αντωνίου, ο οποίος χρονολογείται από το 13ο αι. και ήταν κέντρο του ασκητικού βίου ολόκληρης της Κρήτης. Εξω από την εκκλησία υπάρχει πηγάδι με νερό και στη νότια πλευρά του ναού επάνω σε μικρό ύψωμα βρέθηκε συλημένος κυκλικός θολωτός μινωικός τάφος.

Μάρτσαλος
Είναι ένα φαράγγι μήκους περίπου 2χλμ., που αρχίζει από το βορρά και καταλήγει στο Λιβυκό Πέλαγος σε μια μικρή γραφική παραλία. Σε αυτήν αποβιβάστηκε ο Απόστολος Παύλος κατά τη μεταφορά του στη Ρώμη. Στο μέσο του υπάρχει η σπηλαιώδης εκκλησία της Παναγίας, που χρονολογείται απο τα πρώτα χριστιανικά χρόνια και πιστεύεται ότι λειτούργησε και ως κατακόμβη, όπου κατέφευγαν οι χριστιανοί για να γλιτώσουν από τους διωγμούς των εκάστοτε κατακτητών. Γύρω από την εκκλησία υπάρχουν λαξευμένα στους βράχους κελιά-σπήλαια και ίχνη παλαιών κτισμάτων.
Τα φαράγγια έχουν σπουδαία αισθητική αξία. Είναι εμφανείς οι εναλλαγές του τοπίου, ιδιαίτερα στο Αγιοφάραγγο. Η χλωρίδα συνίσταται από πολλά ενδημικά είδη, όπως το Limonium creticum, το οποίο είναι τοπικό ενδημικό. Η πανίδα περιλαμβάνει αμφίβια, ερπετά και θηλαστικά προστατευόμενα απο τη Συνθήκη της Βέρνης. Υπάρχουν επίσης ενδημικά ασπόνδυλα, ορισμένα από τα οποία είναι τοπικά ενδημικά, όπως τα σαλιγκάρια Albinaria terebra (ενδημικά της Νότιας Κρήτης). Οι αμμώδεις παραλίες της ευρύτερης περιοχής αποταελούν τόπο ωοτοκίας της θαλάσσιας χελώνας Caretta caretta, καθιστώντας την περιοχή μία από τις τρεις σημαντικότερες για το είδος στην Ελλάδα.

Φαράγγι του Αγιου Νικολάου
Στο Δήμο Ζάρου υπάρχει το Φαράγγι του Αγίου Νικολάου με πλούσια χλωρίδα και πανίδα, χαράδρες και εντυπωσιακούς γεωλογικούς σχηματισμούς. Ενα διαμορφωμένο περιπατητικό μονοπάτι, που περνά από τη νεροπηγή της Ζάρου και το Μοναστήρι του Αγίου Νικολάου καταλήγει στο εκκλησάκι του Αϊ-Γιάννη στο Δάσος του Ρούβα. Από το Ζάρο και το Φαράγγι του Αγίου Νικολάου διέρχεται το Ευρωπαϊκό Ορειβατικό Μονοπάτι Ε4. Συμπληρωματικά, στο συγκρότημα αυτό ανήκει και το Φαράγγι Βοριζίων, το οποίο ξεκινά από το Οροπέδιο Νίδας και φτάνει μέχρι τα Βορίζια. Είναι μικρότερο από αυτό του Ζάρου, αλλά με μεγάλη οικολογική σημασία που συνδυάζεται με τη φυσική ομορφιά.

Φαράγγι της Αρβης (Δήμος Ανω Βιάννου)
Το Φαράγγιείναι ένας μεγάλος βραχώδης όγκος ύψους 454μ., βρίσκεται δίπλα στη Μονή του Αγίου Αντωνίου και 700μ. από τον ομώνυμο οικισμό. Το κλίμα που επικρατεί στην περιοχή είναι μεσογειακού τύπου με ήπιο χειμώνα και ξηρό και θερμό καλοκαίρι. Σε συνδυασμό με τις εναλλαγές του τοπίου και του αναγλύφου του εδάφους (συνύπαρξη ορεινών όγκων και θάλασσας) προσφέρει ευκαιρίες υπαίθριας άθλησης αλλά και ξεκούρασης. Η κοντινή απόσταση από τη θάλασσα δημουργεί προϋποθέσεις για την ανάπτυξη πλούσιας χλωρίδας, ενώ και η πανίδα της περιοχής περιλαμβάνει σημαντικά είδη, όπως τα ενδημικά είδη κρητικός ασβός ή άρκαλος και κρητικό κουνάβι ή ζουρίδα. Το φαράγγι είναι σχετικά δύσβατο εξαιτίας των απότομων πρανών, αλλά η προβλεπόμενη διάνοιξη μονοπατιού θα διευκολύνει την προσπέλαση.

Φαράγγι Αμπέλου (Δήμος Χερσονήσου)
Το φαράγγι έχει μήκος 6χλμ. και βρίσκεται στο χωριό Γωνιές. Δάση βελανιδιάς και άφθονα νερά δημιουργούν ένα καταπράσινο περιβάλλον, το οποίο συνδυάζεται με το φυσικό διάκοσμο των σπηλαίων που υπάρχουν κατά μήκος του φαραγγιού.

Φαράγγι Ασκιανό (Δήμος Καστελλίου)
Περιοχή ιδιαίτερου φυσικού κάλλους, αλλά αρκετά δύσβατο λόγω της πυκνής βλάστησης.

Φαράγγι Αλμυρού (Δήμος Γαζίου)
Το φαράγγι βρίσκεται στη θέση Λινοπεράσματα, ανάμεσα στην Κέρη και την Καστροκεφάλα. Σημαντικό αξιοθέατο της περιοχής τα ερείπια των Τριών Εκκλησιών, ενός καθολικού μοναστηριού, που χρονολογείται από το 14ο αιώνα.

Φαράγγια Δήμου Παλιανής
Αναφέρονται τα Φαράγγια του Αγίου Φανουρίου (Κοινότητα Βενεράτου), του Διχαλοπόταμου (Κοινότητα Αυγενικής) και το Κερασιανό (Κοινότητα Κερασιάς). (www.dimospalianis.gr)

Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Ηρακλείου