Ως πρώτοι κάτοικοι της Σάμου, του νησιού του Βορείου Αιγαίου με τις εξαίρετες φυσικές ομορφιές, αναφέρονται από τους αρχαίους ιστορικούς Κάρες και Λέλεγες. Τα παλαιότερα ίχνη κατοίκησης στη Σάμο ανάγονται στους Νεολιθικούς Χρόνους.

Πατρίδα, μεταξύ άλλων, του Πυθαγόρα (6ος αιώνας π.Χ.), κορυφαίου φιλοσόφου και μαθηματικού της αρχαιότητας, ιδρυτή της Πυθαγόρειας Σχολής, και του Αρίσταρχου (4ος-3ος αιώνας π.Χ.), περίφημου μαθηματικού και αστρονόμου, εισηγητή του ηλιοκεντρικού συστήματος, η αρχαία Σάμος ήταν μέλος της Ιωνικής Δωδεκάπολης, ομοσπονδίας δώδεκα μικρασιατικών ιωνικών πόλεων, με κέντρο λατρείας το Πανιώνιον (ιερό του Ελικωνίου Ποσειδώνος), στο ακρωτήρι της Μυκάλης.

 

Η αρχαία πόλη της Σάμου, στη θέση του σύγχρονου οικισμού του Πυθαγορείου, ιδρύθηκε από ίωνες αποίκους, που ήρθαν στο νησί γύρω στο 1000 π.Χ., γνώρισε δε οικονομική και πνευματική άνθηση τον 7ο και, κυρίως, τον 6ο αιώνα π.Χ.

Η πόλη, σημαντικό καλλιτεχνικό κέντρο του ελληνικού κόσμου (κέντρο γλυπτικής, κεραμικής και χαλκουργίας) και μεγάλη ναυτική δύναμη, ίδρυσε αποικίες στις απέναντι ιωνικές ακτές, στη Θράκη, στην Αίγυπτο, στη Δύση κ.α.

Επί τυραννίας Πολυκράτη (β’ μισό 6ου αιώνα π.Χ.) κατασκευάστηκαν τα παλαιότερα τείχη της πόλης, μεγάλη προκυμαία στον κλειστό πολεμικό λιμένα της και το φημισμένο Ευπαλίνειο Όρυγμα.

Ιερά οδός συνέδεε την πόλη της Σάμου με το Ηραίο, ιερό της Ήρας, έναν από τους σπουδαιότερους χώρους λατρείας του αρχαίου ελληνικού κόσμου.

Στα σημαντικότερα γεγονότα των Κλασικών Χρόνων ανήκει η πολεμική σύγκρουση των Σαμίων με τους Αθηναίους το 439 π.Χ., που έληξε με την επικράτηση των ισχυρών αθηναϊκών δυνάμεων και την επιβολή σκληρών όρων στους ηττημένους (γκρέμισμα τειχών, παράδοση στόλου και καταβολή πολεμικής αποζημίωσης).

Κατά τους Ρωμαϊκούς Χρόνους το Ηραίο αρχικά λεηλατήθηκε, αλλά στη συνέχεια γνώρισε νέα άνθηση.

Η Σάμος δοκιμάστηκε από τις αραβικές επιδρομές του 7ου αιώνα και, μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους Φράγκους (1204), κατελήφθη από τους Ενετούς και τους Γενουάτες.

Η κατάκτηση του νησιού από τους Τούρκους, το 1475, συνοδεύτηκε από τη φυγή των περισσότερων κατοίκων του, που προτίμησαν να ακολουθήσουν τους Γενουάτες στη Χίο.

Η Σάμος διαδραμάτισε πρωταγωνιστικό ρόλο στην Επανάσταση του 1821, με ηγετική μορφή τον Λογοθέτη Λυκούργο (Γεώργιο Παπλωματά), ο οποίος ίδρυσε ένα αυτόνομο πολίτευμα με νομοθετική, εκτελεστική, δικαστική και στρατιωτική εξουσία.

Αξιομνημόνευτο γεγονός των επαναστατικών χρόνων υπήρξε ασφαλώς η ναυμαχία της Μυκάλης στις 5/6 Αυγούστου 1824, που κατέληξε σε ήττα των Τούρκων.

Στο νησί, που δεν κατόρθωσε να αποτινάξει τον τουρκικό ζυγό και να ενσωματωθεί στο νεοσύστατο ελληνικό κράτος μετά το τέλος της Επανάστασης του 1821, επιβλήθηκε από τον Αύγουστο του 1834 η «Ηγεμονία της Σάμου», ημιαυτόνομο καθεστώς, υπό την επικυριαρχία της Τουρκίας και με την εγγύηση των Μεγάλων Δυνάμεων (Αγγλίας, Γαλλίας και Ρωσίας).

Σύμφωνα με το ιδιότυπο αυτό καθεστώς, οι Σαμιώτες κατέβαλλαν ετησίως φόρο υποτέλειας στην Τουρκία, που δεν είχε δικαίωμα ανάμειξης στην εσωτερική διοίκηση της Ηγεμονίας ή διατήρησης στρατευμάτων στο νησί. Ανώτατος άρχοντας ήταν ο ηγεμόνας (διοριζόταν από το σουλτάνο, έπρεπε να είναι χριστιανός ορθόδοξος και να μιλά την ελληνική γλώσσα), που κυβερνούσε με τη βοήθεια της Βουλής, μιας τοπικής τετραμελούς κυβέρνησης.

Στην πλειονότητά τους οι ηγεμόνες της Σάμου ενδιαφέρθηκαν περισσότερο για την είσπραξη των φόρων και λιγότερο για την πρόοδο του νησιού. Παρά ταύτα, η Σάμος άκμασε οικονομικά και πολιτιστικά περί τα τέλη του 19ου αιώνα, όταν αναπτύχθηκαν η καπνοβιομηχανία και η βυρσοδεψία, ενώ πραγματοποιήθηκαν έργα υποδομής και οικοδομήθηκαν επιβλητικά κτίρια.

Το 1912 η Σάμος επαναστάτησε και, με επικεφαλής τον Θεμιστοκλή Σοφούλη (1860-1949), κήρυξε την ένωση με την υπόλοιπη Ελλάδα (11 Νοεμβρίου 1912).

Το νησί ενσωματώθηκε οριστικά στην Ελλάδα στις 2 Μαρτίου 1913.