Κατά τις πρώτες δεκαετίες της ζωής του Ηροδότου η Αλικαρνασσός ήταν υποταγμένη στους Κάρες.

Σημαντικότερη εκπρόσωπος της καρικής δικτατορίας που είχε εγκαθιδρυθεί στην πόλη ήταν η Αρτεμισία, μια γυναίκα σίγουρα όχι συνηθισμένη, που ακολούθησε πιστά τον Ξέρξη στην εκστρατεία του εναντίον των Ελλήνων.

Μετά την αίσια για τους Έλληνες έκβαση του αγώνα τους εναντίον των Περσών και την εμπέδωση της ελληνικής υπεροχής στο Αιγαίο, οι κάτοικοι της Αλικαρνασσού ξεσηκώθηκαν και επιχείρησαν να απαλλαγούν από την καρική κυριαρχία.

Στην προσπάθειά τους να ανατρέψουν τον τύραννο Λύγδαμη, το γιο της Αρτεμισίας, έχασε πιθανώς τη ζωή του ο Πανύασσης, ενώ ο Ηρόδοτος αναγκάστηκε να εγκαταλείψει την πατρίδα του, ίσως εξόριστος.

Ο τόπος στον οποίον κατέφυγε ήταν η Σάμος, κάτι που σημαίνει ότι ήλθε εκ νέου σε επαφή με τον ιωνικό τρόπο ζωής.

Λίγον καιρό αργότερα ο Ηρόδοτος επέστρεψε στην πατρίδα του και έλαβε μέρος στην ανατροπή του Λύγδαμη.

Αυτό πρέπει να συνέβη όχι πολύ νωρίτερα από το 454 π.Χ., καθώς από αυτό το έτος η Αλικαρνασσός απαντά ως συμμαχική πόλη στους αττικούς φορολογικούς καταλόγους.

Το επόμενο σημείο αναφοράς για τη ζωή του Ηροδότου από χρονολογικής απόψεως είναι το 444/443 π.Χ., όταν ιδρύθηκε από τον Περικλή η πανελλήνια αποικία των Θουρίων, κοντά στα ερείπια της κατεστραμμένης Σύβαρης, στην Κάτω Ιταλία.

Στην ίδρυση της εν λόγω αποικίας συνέβαλαν εξέχουσες προσωπικότητες, όπως ο αρχιτέκτονας – πολεοδόμος Ιππόδαμος ο Μιλήσιος και ο σοφιστής Πρωταγόρας.

Ο Ηρόδοτος, ασχέτως τού εάν ήταν μέλος της πρώτης αποικιστικής αποστολής ή μετοίκησε εκεί αργότερα, απέκτησε το δικαίωμα του πολίτη των Θουρίων, γι’ αυτό και σε χειρόγραφα του έργου του αναφέρεται όχι μόνο ως Αλικαρνασσεύς αλλά και ως Θούριος.

Ηρόδοτος, pater historiae (Μέρος Α’)