Δεδομένου ότι η γραφή της νέας ελληνικής γλώσσας είναι ιστορική —κάτι που σημαίνει ότι διατηρούνται στοιχεία και ιδιαιτερότητες της γραφής που παρουσίαζε η ελληνική γλώσσα σε διάφορες ιστορικές περιόδους—, δεν υπάρχει απόλυτη και μονοσήμαντη αντιστοιχία μεταξύ των γραμμάτων και των φωνημάτων.

Έτσι, υπάρχουν οι εξής περιπτώσεις όσον αφορά την ανωτέρω αντιστοιχία:

  • Ένα γράμμα αντιστοιχεί σε δύο φωνήματα. Στην κατηγορία αυτήν ανήκουν τα λεγόμενα διπλά γράμματα ξ (κσ) και ψ (πσ).
  • Το ίδιο γράμμα αντιστοιχεί πότε σε ένα και πότε σε άλλο φώνημα. Αυτό συμβαίνει με το γράμμα υ —αντιστοιχεί κανονικά στο φώνημα ι—, το οποίο στις ακολουθίες (συνδυασμούς) αυ και ευ αντιστοιχεί άλλοτε στο φώνημα β (όταν ακολουθεί φωνήεν ή ηχηρό σύμφωνο, π.χ. ευεξία, ευλογώ, αυλή, παύω) και άλλοτε στο φώνημα φ (όταν ακολουθεί άηχο σύμφωνο, π.χ. ναύτης, αυτός, ευκαιρία, ευχαριστώ).
  • Δύο όμοια γράμματα που παριστάνουν σύμφωνα αντιστοιχούν σε ένα φώνημα. Στην κατηγορία αυτήν ανήκουν τα λεγόμενα όμοια σύμφωνα ββ (Σάββατο), κκ (εκκλησία), λλ (άλλος), μμ (γράμμα), νν (γεννώ), ππ (παππούς), ρρ (άρρωστος), σσ (τέσσερα) και ττ (περιττός).
  • Δύο διαφορετικά γράμματα αντιστοιχούν σε ένα φώνημα, παριστάνουν ένα φθόγγο. Στην κατηγορία αυτήν ανήκουν τα λεγόμενα δίψηφα γράμματα, που διακρίνονται σε δίψηφα φωνήεντα (αι, ει, οι, ου και υι) και δίψηφα σύμφωνα (μπ, ντ, γκ, τσ, τζ).