Το μουσείο είναι έργο ζωής του μουσικολόγου Φοίβου Ανωγειανάκη, ο οποίος, κάτω από δύσκολες ιστορικές και πολιτικές συνθήκες, συγκέντρωσε μέσα σε διάστημα 50 χρόνων τα 1.200 περίπου όργανα, που χρονολογούνται από το 18ο αιώνα έως τις μέρες μας. Το 1978 δώρισε τη συλλογή του -την πλουσιότερη στην Ελλάδα και από τις σημαντικότερες στην Ευρώπη- στο ελληνικό Δημόσιο.
Το μουσείο είναι έργο ζωής του μουσικολόγου Φοίβου Ανωγειανάκη, ο οποίος, κάτω από δύσκολες ιστορικές και πολιτικές συνθήκες, συγκέντρωσε μέσα σε διάστημα 50 χρόνων τα 1.200 περίπου όργανα, που χρονολογούνται από το 18ο αιώνα έως τις μέρες μας.
Το 1978 δώρισε τη συλλογή του -την πλουσιότερη στην Ελλάδα και από τις σημαντικότερες στην Ευρώπη- στο ελληνικό Δημόσιο.
Τα εγκαίνια του μουσείου στις 6 Ιουνίου 1991 σηματοδοτούν τη δικαίωση του οράματος του δημιουργού τους, αλλά και την έναρξη μιας νέας προσπάθειας για την έρευνα και τη διάσωση, τη μελέτη και την προβολή της ελληνικής παραδοσιακής μουσικής.
Το μουσείο στεγάζεται σε ένα παλιό αρχοντικό στην Πλάκα, δίπλα στη ρωμαϊκή αγορά, κτισμένο το 1842 από τον οπλαρχηγό Γιώργο Λασσάνη.
Η οικία Λασσάνη, εκτός από τον κυρίως εκθεσιακό χώρο, στεγάζει την υποδοχή, τη διεύθυνση, τη γραμματεία και τη βιβλιοθήκη του μουσείου. Οι παλιοί στάβλοι του αρχοντικού διαμορφώθηκαν σε δεύτερο οίκημα, όπου στεγάζονται το Κέντρο Έρευνας και τα Αρχεία, οι αποθηκευτικοί χώροι, καθώς και το πωλητήριο του μουσείου, στο οποίο διατίθενται βιβλία, δίσκοι και μουσικά όργανα.
Στον κήπο του μουσείου διοργανώνονται τακτικά συναυλίες παραδοσιακής μουσικής, με τη συμμετοχή λαϊκών μουσικών από διάφορες περιοχές της Ελλάδας. Στόχοι του μουσείου και του Κέντρου Έρευνας είναι η συλλογή και έκθεση λαϊκών μουσικών οργάνων, η προώθηση της έρευνας σε θέματα εθνομουσικολογίας, καθώς και η διάσωση, μελέτη, προβολή και διάδοση της ελληνικής λαϊκής και βυζαντινής μουσικής παράδοσης.

Οι συλλογές Στο μουσείο εκτίθενται περίπου τα μισά όργανα της συλλογής Φοίβου Ανωγειανάκη, με κριτήριο όχι μόνο την αισθητική και τη διακόσμησή τους αλλά, κυρίως, το εθνολογικό και το μουσικολογικό ενδιαφέρον τους.
Τα υπόλοιπα φιλοξενούνται σε ειδικά σχεδιασμένες αποθήκες και αποτελούν υλικό για κινητές εκθέσεις στο εξωτερικό ή περιοδικές εκθέσεις ειδικού ενδιαφέροντος. Η έκθεση απλώνεται σε τρεις ορόφους και περιλαμβάνει τέσσερα επίπεδα, όσα και οι οικογένειες μουσικών οργάνων που διακρίνει η εθνομουσικολογία με κριτήριο το υλικό που πάλλεται για να δώσει τον ήχο:
Μεμβράνη ή δέρμα – Μεμβρανόφωνα
Στήλη αέρα – Αερόφωνα
Τεντωμένη χορδή – Χορδόφωνα
Το ίδιο το σώμα – Ιδιόφωνα
Η παρουσίαση γίνεται κατά οργανολογικούς τύπους, με δίγλωσσες επεξηγήσεις (ελληνικά – αγγλικά).
Σε κάθε βιτρίνα ειδικό σύστημα ακουστικών με μουσικά παραδείγματα παρουσιάζει τον ήχο, τη μουσική έκταση, τις τεχνικές παιξίματος και τους συνδυασμούς των μουσικών οργάνων.
Παράλληλα, γίνεται προσπάθεια να τοποθετηθούν τα όργανα κατά τόπο και χρόνο και να συνδεθούν με τους κατασκευαστές και τους μουσικούς που τα χρησιμοποιούν, μέσα από σχέδια, φωτογραφικό υλικό και προβολές βιντεοταινιών, που παρουσιάζουν έθιμα και τελετουργίες, καθώς και τα στάδια κατασκευής των διαφόρων οργάνων.