Στη θέση όπου σύμφωνα με μεσαιωνική παράδοση βρισκόταν ένα από τα επτά θαύματα του αρχαίου κόσμου, ο φημισμένος Κολοσσός της Ρόδου (χάλκινο άγαλμα του Ήλιου), έργο του ροδίτη αγαλματοποιού Χάρητος (3ος αιώνας π.Χ.), κατασκευάστηκε κατά τα έτη 1464-1467 το φρούριο του Αγίου Νικολάου, κατ’ εντολήν του Μεγάλου Μαγίστρου R. Zacosta.

Η κατασκευή του εν λόγω φρουρίου σε ένα χώρο όπου υπήρχε κατά πάσαν πιθανότητα παλαιότερη αρχαία κατασκευή, αλλά και βυζαντινή ή πρώιμη ιπποτική εκκλησία του Αγίου Νικολάου (σε αυτήν οφείλει την ονομασία του το οχυρό), σήμανε το τέλος της μακραίωνης διαδικασίας οχύρωσης της μεσαιωνικής πόλης της Ρόδου, που είχε αρχίσει τον 7ο αιώνα, με την κατασκευή του πρωτοβυζαντινού φρουρίου.

Στην περίοδο που προηγήθηκε της κατάληψης της Ρόδου από τους Οθωμανούς (1522) το οχυρωματικό σύμπλεγμα του Αγίου Νικολάου υπέστη συνεχείς μετασκευές, που αποσκοπούσαν στη μέγιστη δυνατή ενίσχυσή του.

Κατά τη διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου οι Ιταλοί χρησιμοποίησαν το φρούριο του Αγίου Νικολάου, προκειμένου να προστατεύσουν το λιμάνι του Μανδρακίου.

Ο χρόνος, η θάλασσα και ο ανθρώπινος παράγοντας επέφεραν ισχυρά πλήγματα στο φρούριο του Αγίου Νικολάου, γι’ αυτό και κρίθηκε αναγκαία η εφαρμογή ενός ειδικού αναστηλωτικού προγράμματος του Υπουργείου Πολιτισμού, αρχής γενομένης από το 1998.

Ο φάρος που βρίσκεται στην οροφή του πύργου είναι ένας από τους παλαιότερους και πλέον ιστορικούς φανούς της Μεσογείου, καθώς λειτουργεί τουλάχιστον από το 1675. Ο σύγχρονος φάρος κατασκευάστηκε το 1863 από τη Γαλλική Εταιρεία Οθωμανικών Φάρων. Κατά τα έτη 2004-2005 ολοκληρώθηκε η ανακατασκευή του πέτρινου πυργίσκου του φάρου πάνω στο δώμα του κεντρικού πύργου Zacosta, ενώ στα τέλη του 2006 ολοκληρώθηκε η μετεγκατάσταση του φάρου και η επαναλειτουργία του με ευθύνη της Υπηρεσίας Φάρων του Πολεμικού Ναυτικού.

Το φρούριο του Αγίου Νικολάου δεν είναι, όμως, το μοναδικό στολίδι του Μανδρακίου, άλλοτε κύριου λιμανιού της πόλης της Ρόδου, όπου σήμερα αράζουν εκδρομικά σκάφη και σκάφη αναψυχής. Τα πασίγνωστα χάλκινα ελάφια, στην είσοδο του λιμανιού, οι αποκατεστημένοι παλαιοί ανεμόμυλοι, καθώς και τα υπέροχης αρχιτεκτονικής κτίσματα της Ιταλοκρατίας στην περιοχή γύρω από το Μανδράκι, συνθέτουν ένα ιδιαίτερα γραφικό σύνολο, που γοητεύει τους ταξιδιώτες.